Κατά την Υστεροελλαδίτικη περίοδο η Ύδρα έγινε προμαχώνας του μυκηναϊκού βασιλείου λόγο της καταλληλότητας του εδάφους να φιλοξενήσει τους ορεσίβιους Δρύοπες.

Κατά το τέλος των μυκηναϊκών χρόνων η Ύδρα δέχτηκε επίθεση από τους Μυκηναΐους. Στους περσικούς πολέμους πιθανολογείτε η συμμετοχή Υδραίων στη ναυμαχία της Σαλαμίνας.

Όταν οι Μακεδόνες εμφανίστηκαν στο προσκήνιο η Ύδρα αποτελούσε πάλι ναυτική βάση ή βοσκότοπο της ισχυρής πόλης των Αλιέων και όταν η πόλη δέχτηκε επίθεση και καταστράφηκε στην αφάνεια συμμερίσθηκε και το νησί.

Μετά τη διαίρεση της βυζαντινής αυτοκρατορίας η Ύδρα υπάχθηκε και παρέμεινε ενετική κτήση μέχρι και το 1460. κατά το Ρωσοτουρκικό πόλεμο του 1768 – 1774 η Ύδρα πήρε μέρος στα Ορλωφικά.