Μερικά από τα ονόματα που δόθηκαν στην Αμοργό κατά τη διάρκεια των αιώνων είναι Παταγή ή Πλατάγη, Παγκάλη, Ψυχία, Καρκησία και φυσικά Αμοργός. 

Το γεγονός ότι η Αμοργός βρίσκεται κοντά στα Μικρασιατικά παράλια την έκανε να είναι δίοδος απ' όπου περνούσαν οι αρχαίες ελληνικές φυλές και κατά συνέπεια και ο ελληνικός πολιτισμός. Επίσης στις αρχαιολογικές ανασκαφές του νησιού βρέθηκαν επιγραφές που επιβεβαιώνουν το πέρασμα αποίκων από τη Σάμο, την Κρήτη και άλλες περιοχές και αυτό επιβεβαιώνει το πέρασμα των λαών. 

Κατά την αρχαιότητα η Αμοργός αποτελούνταν από τρεις πόλεις: τη Μινώα, την Αιγιάλη και την Αρκεσίνη. Κάθε μια από αυτές είχε το δικό της νόμισμα, πολλά από τα οποία σώζονται μέχρι σήμερα. Από τις τρεις αυτές πόλεις μόνο η Αρκεσίνη διασώζει μερικά τείχη της. Και οι τρεις πόλεις της Αμοργού βρίσκονται στο δυτικό μέρος του νησιού, αντίκρυ της Νάξου.

Επί Βυζαντινών χρόνων η Αμοργός ανήκε στην επαρχία των νήσων, με πρωτεύουσα τη Ρόδο και στη συνέχεια, με τα νησιά της Πάρου και τη Σίφνο, αποτέλεσε την Επισκοπή, η οποία ενώθηκε το 1803 με την Παροναξία. 
Κατά τη Βυζαντινή αυτοκρατορία αναγέρθηκε στην Αμοργό η Μονή της Παναγίας της Χοζοβιώτισσας, η οποία σύμφωνα με την παράδοση, κτίσθηκε το 1088 από τον αυτοκράτορα Αλέξιο Κομνηνό. 

Μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Φράγκους το 1204, το 1207 η Αμοργός περιήλθε στους Βενετούς Ανδρέα και Ιερεμία Γκύζη. Η Αμοργός πέρασε στα χέρια του αυτοκράτορα της Νίκαιας Ιωάννη Βοτατζή, διότι ο Δεσπότης της Νάξου Σανούδος την αφαίρεσε από τους αδερφούς Γκύζη. Ο αυτοκράτορας ωστόσο αργότερα την παρέδωσε πάλι στον Ιερεμία Γκύζη. Στη Δυναστεία Γκύζη η Αμοργός έμεινε έως το 1309. Κατόπιν η Αμοργός περιήλθε στη Δυναστεία των Σανούδων και παρέμεινε στην κυριαρχία των Σανούδων μέχρι το 1352 οπότε και διαμελίστηκε, ένα κομμάτι της οποίας περιήλθε στο Δούκα της Νάξου Νικόλαο Σανούδο, ο οποίος προκειμένου να αναθερμάνει τη σχέση του με την ισχυρή οικογένεια των Γκύζη τους παραχώρησε το τμήμα του από την Αμοργό. Η Αμοργός δεν έμεινε για πολύ χρονικό διάστημα σταθερά σε έναν κατακτητή. Άλλαξε κατακτητές όπως Γριμάνη, Κυρϊνη μέχρι που το 1447 αποτελούσε τμήμα της Αστυπάλαιας.

Η Εκκλησία είχε δυτική επιρροή έως το 1537 οπότε η Αμοργός έγινε πατριαρχική επαρχία. Το 1831 έγινε τμήμα της Αρχιεπισκοπής των Κυκλάδων. Ήδη από το 1828 έχουμε στην Αμοργό το πρώτο ελληνικό σχολείο που ιδρύθηκε από τη Μονή Χοζοβιώτισσα. Αργότερα στο 1835 ιδρύθηκε ο Δήμος Αμοργού.
Ελεύθερη πλέον η Αμοργός αναπτύσσεται στα τέλη του 19ου και του 20ου αιώνα. Οι κάτοικοί της αναπτύσσουν την κτηνοτροφία, τη γεωργία και φυσικά το εμπόριο. Δύσκολες στιγμές περνά πάλι η Αμοργός κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, αλλά δεν παραδίδεται. Σήμερα η ανάπτυξη της Αμοργού γίνεται με γοργούς ρυθμούς.