Το νησί πρωτοκατοικήθηκε στη Νεολιθική εποχή. Αυτό αποδεικνύουν τα λίθινα εργαλεία και αρκετά αγγεία που βρέθηκαν στους συνοικισμούς που ίδρυσαν πρώην κάτοικοι της Πελοποννήσου στο λόφο της κολώνας και στο Μεσαγρό. Γύρω στο 2100 π.Χ. και ενώ το ισχυρό πρωτοελλαδικό κέντρο της Λέρνας καταστρεφόταν κάνει την εμφάνιση του ένας νέος πληθυσμιακός παράγοντας από το Βορρά.

Οι Μεσοελλαδίτες αυτοί εποίκισαν την Αίγινα η οποία έγινε ισχυρός προμαχώνας της Αττικής από τους επιδρομείς της θάλασσας χωρίς να αναπτυχθεί ναυτικά λόγω της θαλασσοκρατίας της Μινωικής Κρήτης. Οι ορεσίβιοι Δρύοπες ίδρυσαν στην Αίγινα ένα νέο οικισμό στο Όρος και λέγεται πως αυτοί εισήγαγαν τη λατρεία του Ελλάνιου Δία στη νότια Ελλάδα.

Στα τέλη του 13ου π.Χ. αιώνα η Αίγινα με μεγαλύτερη συμμετοχή από τα υπόλοιπα νησιά του Αργοσαρωνικού πήρε μέρος στο δεκάχρονο τρωικό πόλεμο. Κατά το τέλος των Μυκηναϊκών χρόνων η μεγάλη και ισχυρή πια Αίγινα δέχτηκε επίθεση από τους Μυκηναϊκούς οι οποίοι την επέταξαν. Στα μέσα του 7ου π.Χ. αιώνα εμφανίζεται η αμφικτιονία της Καλαυρείας μέλος της οποίας έγινε και η Αίγινα. Εκείνη την εποχή το νησί διατηρούσε στενές εμπορικές σχέσεις με την Επίδαυρο.

Γύρω στο 650 π.Χ. έκοψε τη χελωνή το πρώτο άργυρο νόμισμα στον ελλαδικό χώρο και καθιέρωσε τα σταθμά. Η Αίγινα εξελίχτηκε σε ισχυρό οικονομικό – εμπορικό κέντρο της Ελλάδας και διακρίθηκε για την κεραμική της τέχνη. Όταν στις αρχές του 5ου αιώνα π.Χ. ο περσικός στόλος επέπλευσε στο Αιγαίο η Αίγινα δεν αντιστάθηκε και συνέπραξε με τους Πέρσες με τη θέληση της για να μην διακοπούν οι εμπορικές συναλλαγές της με τα λιμάνια της Μικρά Ασία.

Η ακμή της Αίγινας αναχαιτίσθηκε όταν μετά τους Περσικούς πολέμους υπερίσχυσε στις θάλασσες ο Αθηναϊκός στόλος.

Όταν οι Αθηναίοι έμαθαν το 459 π.Χ. πως οι Αιγινήτες ήθελαν να συμμαχήσουν με τους Κορίνθιους εναντίον τους οι δύο στόλοι συγκρούστηκαν στην Κεκρυφάλεια. Οι νικητές Αθηναίοι υποχρέωσαν τους Αιγινήτες να γκρεμίσουν τα τείχη τους και να πληρώνουν κάθε χρόνο υπέρογκους φόρους. Κατά τον Πελοποννησιακό πόλεμο οι Αιγινήτες σύμμαχοι της Σπάρτης δέχτηκαν τον πρώτο κιόλας χρόνο επίθεση από 100 αθηναϊκές τριήρεις. Μετά το θάνατο του μεγάλου Αλεξάνδρου η Αίγινα άνηκε αρχικά στην Αχαϊκή και αργότερα στην Αιτωλική συμπολιτεία. Το 210 π.Χ. πουλήθηκε για 30 τάλαντα στο βασιλιά της Περγάμου Άτταλο Α’. στους βυζαντινούς χρόνους η Αίγινα υπάγονταν στο θέμα της Ελλάδας, αποτέλεσε επισκοπική έδρα και κατά τον 3ο αιώνα παρουσίασε κίνηση του εμπορίου και αύξηση του πληθυσμού της από κατοίκους γειτονικών περιοχών που δεχόταν επιθέσεις Γότθων και Ερούλων.